Formation initiale

2013 – 2016
Thèse d’ÉcologieEPHECEFE : Déterminants de la structure des communautés fongiques dans les forêts de Corse : Rôle des perturbations et de la composition forestière.
Sous la direction de C. Carcaillet et de F. Richard.
2012 – 2013
Master 2 EGB (Environnement et Gestion de la Biodiversité) à l’École Pratique des Hautes Études
2010 – 2012
Master BEE (Biodiversité Écologie Évolution) – Université de Montpellier
2007 – 2010
Licence BO (Biologie des Organismes) – Université de Nantes (L1 – L2) & Montpellier (L3)

Formations en ligne

Détails des formations en ligne suivies

Formations Temps Organismes
Apprenez à apprendre 6h Openclassroom
Gérer son nom de domaine 4h Openclassroom
Simplifiez vous la vie avec less 2h Openclassroom
Apprenez à créer avec GIMP 2.8 ! 20h Openclassroom
Utilisez les effets avancés de CSS sur votre site 6h Openclassroom
Découvrez la programmation orientée objet avec Python 6h Openclassroom
Débuter dans l’infographie avec GIMP ! 1h Openclassroom
Initiez-vous à la comptabilité 4h Openclassroom
Restituez et perfectionnez vos esquisses grâce à Inkscape ! 2h Openclassroom
UX design : découvrez les fondamentaux ! 8h Openclassroom
Mise en Page avec InDesign 10h Openclassroom
Démarrez votre projet avec Python 4h Openclassroom
Améliorez l’impact de vos présentations 8h Openclassroom
Créez un site moderne et professionnel avec WordPress 5 15h Openclassroom
Prenez en main Bootstrap 10h Openclassroom
Reprenez le contrôle à l’aide de Linux ! 30h Openclassroom
Apprenez à créer votre site web avec HTML5 et CSS3 20h Openclassroom
Créez des visuels avec Illustrator 10h Openclassroom
Initiez-vous au Design Thinking 6h Openclassroom

Compétences

Bio-informatique

  • Maîtrise de R, Inkscape, Linux, Latex, et différents logiciels de métagénomique
  • Bonne connaissance en html5, css3
  • Bases en python, git & bash
  • Création et maintien du package R cati CRAN Total CRAN by month

Visualisation

  • Maîtrise de R, Inkscape, et de nombreux packages R de visualisation,
  • Bonne connaissance du package R ggplot2 et des packages htmlwidgets,
  • Bases en Javascript,
  • Plusieurs dizaines de figures dont certaines interactives à mon actif (voir le porfolio).

Bio-statistiques

  • Grande expérience d’utilisation des statistiques en biologie,
  • Expérience d’enseignement des bio-statistiques de la Licence 1 à la Licence 3 à l’UM,
  • Bonne connaissance en analyses univariées et multivariées.

Analyses de données complexes

  • Maîtrise de R et de nombreux packages d’analyses,
  • Bonne connaissance des analyses de réseaux d’interactions,
  • Nombreuses expériences d’analyse de données complexes (voir mes publications),
  • Notions d’intelligence artificielle .

Engagements collectifs

2013 – 2017
Organisation des séminaires étudiants du CEFE et animation de séminaires en épistémologie, statistiques et informatique.
2013 – 2016
Représentant étudiant à l’assemblée de section SVT de l’EPHE et dans l’équipe interactions biotiques du CEFE.
2009 – 2013
Membre du CA (4 ans) et trésorier (2 ans) du Groupe Naturaliste de l’Université Montpellier.

Enseignement

2015 – 2017
Co-encadrement de stages de Master : Océane Cobelli (M1 IEGB – Université de Montpellier), Anne Voyer (CÉGEP aménagement et environnement forestiers – Université Laval, Québec), Ananda Christophe (M1 EcoSystèmeS – Université de Montpellier) & Corentin Leurent (M2 Darwin – Université de Montpellier)
2015 – 2017
Animation d’une journée de formation CNRS sur l’analyse de données métagénomiques.
2013 – 2017
Moniteur (3 ans) puis ATER (1 an) à l’Université de Montpellier. Participation à 14 UEs — principalement en Écologie, Statistiques et Mycologie — pour un total de 296 heures.

Détails des unités d’enseignements

Année Code UE Détails Responsables Niveau Heures
2013-2014 FMOB105 TD Métacommunautés + Neutralité F. Munoz M1 6
| FMOB317 Semaine de terrain Écologie environnement sociétés O. Thaller M2 20
| GMBE10E CM + TD Diversité et biogéographie des écosystèmes D. McKey M1 3
| GLBE203 TD Génétique P. Labbé L1 16,5
| GLBE610 TP Mycologie F. Richard L3 27
2014-2015 FMOB105 TP + TD Métacommunautés + neutralité F. Munoz M1 12
| GMBE10E CM + TD Diversité et biogéographie des écosystèmes D. McKey M1 3
| HLBE518 CM + TD Interactions sols organismes T. Decaens L3 13
| HLBE510 Projet tutoré V. Girard L3 12
| HLBE201 TD Cycles de vie des organismes P. Labbé L1 12
| HLBE603 TP Spermaphytes : phylogénie et floristique J.F. Terral L3 12
2015-2016 HMBE3A2 TD Analyse d’articles interactions plantes/animaux R. Manlay M1 12
| HMBE105 TP + TD Écologie des Populations, communautés S. Maurice M1 12
| HMBE108 CM + TD Diversité et biogéographie des écosystèmes D. McKey M1 12
| HLBE512 TP Mycologie + Sortie Mycologie F. Richard L3 12
| HMBE109 Sortie Écologie et société C. Petit M1 18
2016-2017 HMBE101 TD Bases en traitement de données biologiques B. Mérigot M1 25
| HMBE105 TP + TD Écologie des Populations, communautés S. Maurice M1 9
| HMBE108 CM + TD Diversité et biogéographie des écosystèmes D. McKey M1 21,5
| HLBE101 CM + TD Biologie Intégrative J-H. Lignot L1 16,5
| HMBE3A2 TD analyse article interactions plantes/animaux R. Manlay M1 12
| HMBS123 TD Bio-statistique J. Claude M1 10
Total 296,5

Communications orales

Conférence internationale / Conférence grand public

2017

  • Journée d’échange du Conservatoire Botanique National de Corse — Corti : De l’aiguille à la racine : Les enjeux souterrains de la flore de Corse.
  • Séminaire — SLU-Uppsala (Suède) : Drivers of fungal community composition in Corsican forests: role of perturbations and vegetation composition
  • Journée du CEFE — Montpellier : Chercher des champignons dans une botte d’aiguilles : diversité des Ascomycètes endophytes du pin laricio
  • Séminaire — Lille : Diversité des endophytes fongiques du pin laricio.
  • R user group du CEFE – Montpellier : Créer un package R
  • ICOM 9 — Prague (République Tchèque) : Fire effect on ectomycorrhizal symbiosis: Lessons for biological conservation

2016

  • Fête de la truffe de Claret — Claret : Diversité des relations arbres-champignons
  • Journée des doctorants du CEFE — Montpellier : Les mycorhizes passent à la casserole : histoire d’un mutualisme tout feu tout flamme

2015

  • Conférences aux congrès mycologiques d’Ajaccio — Porticcio : Mesurer la diversité fongique autrement
  • Réunion département interactions biotiques du CEFE — Valleraugue : Quels liens entre ancienneté de la forêt et diversité fongique ? Leçons issues de la distribution d’une rareté mondialement distribuée, Xylobolus subpileatus.
  • Journée Écologie des communautés du CEFE — Montpellier : Introduction de la session sur les réseaux d’interactions

2014

  • Journée des doctorants du CEFE — Montpellier :CATI fille de l’R, 9 mois de gestation, 3000 lignes de code: Tester l’assemblage des communautés par les traits des individus.

2013

  • Colloque Network Dynamics — Montpellier : Présentation du poster Beyond Common Mycorrhizal Networks: interspecific interaction networks underlying ectomycorrhizal community ecology

Publications en français

2017

Hugot L, Delbosc P., Panaiotis C., Richard F, Taudière A, Tomasi F, Médail F. 2017. Châtaigner et végétations associées : des relations dynamiques. Bulletins de la Société Botanique du Centre Ouest.

2016

Taudière A. 2016. Déterminants de la structure des communautés fongiques dans les forêts de Corse : Rôle des perturbations et de la composition forestière. Rapport de thèse, École Pratique des Hautes Études.

2014

Collectif. 2014. Petit guide naturaliste de la faculté de science. Faculté des sciences de Montpellier, 118 p. ISBN: 978-2-7466-6112-7.

Publications internationales

2018

Taudière A. 2018. Déterminants de la structure des communautés fongiques dans les forêts de Corse : rôle des perturbations et de la composition forestière. Bois et Forêts des Tropiques, 334, 75-76

Taudière A, Bellanger J-M, Carcaillet C, Hugot L, Kjellberg F, Lecanda A, Lesne A, Moreau P-A, Scharmann K, Leidel S and Richard F. 2018. Diversity of foliar endophytic ascomycetes in the endemic Corsican pine forests. Fungal Ecology, 36, 128-140.

Munoz F, Grenié M, Denelle P, Taudière A, Laroche F, Tucker C & Violle C. 2018. ecolottery: simulating and assessing community assembly with environmental filtering and neutral dynamics in R. Methods in Ecology and Evolution

2017

Taudière A, Bellanger J-M, Moreau P-A, Carcaillet C, Christophe A, Læssøe T, Panaïotis C and Richard F. 2017. Xylobolus subpileatus, a specialized basidiomycete functionally linked to old canopy gaps. Canadian Journal of Forest Research minilogo

Taudière A, Richard F, Carcaillet C. Review on fire effects on ectomycorrhizal symbiosis, an unachieved work for a scalding topic. Forest Ecology and Management 391: 446–457. minilogo

Ebenye HCM, Taudière A et al.. 2017. Generalist ectomycorrhizal fungi are shared between seedlings and adults in a Monodominant Gilbertiodendron dewevrei Cameroon Rainforest. Biotropica 49: 256–267. minilogo

2016

Courty P-E, […], Taudière A, Garbaye J & Richard F. 2016. Into the functional ecology of ectomycorrhizal communities: environmental filtering of enzymatic activities. Journal of Ecology 104: 1585–1598. minilogo

Taudière A, Violle C. 2016. cati: an R package using functional traits to detect and quantify multi-level community assembly processes. Ecography 39: 699–708. minilogo minilogo

2015

Siefert A, Violle C, Chalmandrier L, Albert CH, Taudière A, Fajardo A, et al. 2015. A global meta-analysis of the relative extent of intraspecific trait variation in plant communities. Ecology Letters 18: 1406–1419. minilogo

Taschen E, Sauve M, Taudière A, Parlade J, Selosse M-A, Richard F. 2015. Whose truffle is this? Distribution patterns of ectomycorrhizal fungal diversity in Tuber melanosporum brûlés developed in multi-host Mediterranean plant communities. Environmental Microbiology 17: 2747–2761. minilogo

Taudière A, Munoz F, Lesne A, Monnet A-C, Bellanger J-M, Selosse M-A, Moreau P-A, Richard F. 2015. Beyond ectomycorrhizal bipartite networks: projected networks demonstrate contrasted patterns between early- and late-successional plants in Corsica. Frontiers in Plant Science 6. minilogo

2014

Bender SF, Valadares RB da S, Taudière A. 2014. Mycorrhizas: dynamic and complex networks of power and influence. New Phytologist 204: 15–18. minilogo